تاکنون از بین بردن کامل این سلول ها بسیار مشکل بوده و در مواردی این سلول ها پس از درمان بیمار ، موجب عود کردن بیماری سرطان می شوند.

روش های معمول برای از بین بردن سلول های اصلی سرطانی ، عمل جراحی ، خارج کردن غده های سرطانی در حد ممکن و پس از آن تلاش برای از بین بردن عامل سرطان از طریق شیمی درمانی و رادیو تراپی است.

این روش ها همواره کاملا موثر نیست و ریشه سرطان یعنی سلول های پایه سرطانی غالبا در برابر این نوع درمان ها مقاومت نشان می دهد و سبب رشد مجدد غده های سرطانی می شود.در بسیاری مواقع سلول های سرطانی در برابر شیمی درمانی مقاومت نشان می دهند.

مشکل دیگر این است که سلول های سرطانی ممکن است در میان رگ های خون ، در داخل نسوج و نیز اندام های بدن مانند مغز و کبد بیمار زنده باقی بمانند.به همین دلیل تلاش برای درمان آنها با روش های معمول می تواند زندگی بیمار را تهدید کند.

اکنون دانشمندانی که در انستیتویی در بوستون در مورد روش های جدید در درمان سرطان مطالعه می کنند، دریافته اند که یک داروی موجود به نام سالینومایسن، آنتی بیوتیکی که برای معالجه عفونت های معده و روده احشام به کار می رود، در از بین بردن سلول های پایه سرطانی در موش ها موثر بوده است.این دارو در از بین بردن سلول های پایه سرطانی در موش ها، صد برابر موثر تر از روش عادی شیمی درمانی بوده است.

این دانشمندان می گویند: یک چنین تحولی می تواند به پیدا کردن روش جدیدی برای معالجه سرطان کمک کند ولی قبل از آزمایش آن بر روی انسان، هنوز باید کار زیادی روی این برنامه انجام شود.